Laureato in Scienze politiche a Bari, ha ottenuto il master MBA alla Bocconi, ha svolto per quattro anni attività di ricerca alla London School of Economics ed è stato Visiting Professor alla University of Illinois, Chicago, nel 2002. Professore di discipline economiche presso lUniversità Carlo Cattaneo di Castellanza, dal 1998 al 2007 è coordinatore del Cerst - Centro di Ricerca per lo Sviluppo del Territorio. Dal 2008 è in aspettativa per lattività parlamentare.
È stato Assessore all'economia al comune di Bari dal luglio del 2004 a ottobre 2006. Nel Governo Prodi dal 2006 è stato Capo del Dipartimento per lo Sviluppo delle Economie Territoriali della Presidenza del Consiglio dei ministri. Dal 2006 al 2008 è stato commissario liquidatore e presidente dell'organo straordinario di liquidazione del dissesto finanziario del Comune di Taranto.
Eletto alla Camera dei deputati alle elezioni politiche del 13 e 14 aprile 2008 nella lista del Partito Democratico per la circoscrizione XXI (Puglia) è membro della Commissione Bicamerale per il Federalismo Fiscale.
Dal novembre 2009 è stato eletto componente dell'Ufficio di Presidenza del Gruppo Pd alla Camera e Coordinatore delle Commissioni Economiche.
È autore di numerosi testi economico-finanziari.
Il nuovo scenario della finanza locale: dai Boc ai Rating
Paper per la Finanza Locale, Maggioli, 1998
Finanziare lo sviluppo locale
Bologna : Il Mulino, 1998
Governo locale e sviluppo economico nel nuovo contesto europeo
Il governo locale oggi: manuale per il sindaco, a cura dell'ANCI
Bergamo : CEL, 1999
Camere di commercio e sviluppo economico locale.
Ricerca CNEL 99, 13° Rapporto sui servizi pubblici locali
Sudgest, 1999
Milano : Il Sole 24 Ore, 2000
Italian local governments: the growing space for economic and financial strategy.
Liuc papers : pubblicazione periodica del Libero Istituto Universitario Carlo Cattaneo
L'impatto economico degli investimenti e il ruolo degli enti locali.
Le politiche di gestione della liquidità e i nuovi strumenti finanziari degli enti locali / a cura di O. Pignatti
Maggioli Editore, 2002
Economia e Finanza delle Amministrazioni Pubbliche.
Milano : Guerini e associati, 2002
Bologna : Il Mulino, 2003
Local government financing system.
Francesco Boccia in Italy: politics and policy. A cura di R. Leonardi, 2003
L'emissione di prestiti obbligazionari.
Paper Aziendeitalia, 2003
Francesco Boccia, Maurizio Zipponi
Bari : Palomar, 2004
La fine di un'illusione : il federalismo alla prova dello sviluppo.
A cura di Francesco Boccia
Soveria Mannelli (CZ) : Rubbettino, 2005
